Op de lange termijn bestaan alleen onzekerheden. Deze onzekerheden worden met hulp van scenario’s en aannames kwantitatief in beeld gebracht. NEO Observatory maakt voor de doorwerking op de regionale economie gebruik van scenario’s die het Centraal Planbureau en andere instituten voor Nederland hebben opgesteld. Deze scenario’s bevatten zeer verschillende toekomstige ontwikkelingspaden van de nationale economie. Onzekerheden en veronderstellingen worden ingebracht op basis van workshops met deskundigen, dwarsdenkers en visionairen.
NEO Observatory rekent dit materiaal door en dit resulteert in regionaal economische effecten op arbeid, welvaart, en welzijn. Een voorbeeld van toepassing van een scenario-analyse is Rotterdam: Make IoT Happen (2015), een rapport in samenwerking met de Erasmus Universiteit Rotterdam over de noodzaak van energietransitie in de Rotterdamse haven en stad. Dit rapport is een voorstudie ten behoeve van de Roadmap Next Economy.